Фонд је успоставио независтан и транспарентан процес евалуације поднетих пријава за финансирање. Систем евалуације поднетих пројеката се састоји од оцене од стране међународних рецензента и Експертске комисије, која и доноси коначну одлуку о финансирању. Управни одбор Фонда даје сагласност на коришћење инвестиционих средстава Фонда у складу са одлуком Експертске комисије.
Експертску комисију чине међународно признати стручњаци са дугогодишњим искуством у вођењу технолошких компанија, примењеним научним истраживањима, комерцијализацији и инвестирању у иновације.
Критеријуми за одабир иновативних пројеката који добијају финансијску подршку су прецизни, јавни и дефинисани у складу са добром међународном праксом.
Поступак оцењивања предлога пројекта је следећи:
- Након достављања пријаве, особље Фонда врши преглед подобности и потпуности пријаве, као и прву анализу достављених докумената како би се осигурала њихова техничко-административна исправност.
- Затим, прву стручну процену пријава врше међународни независни рецензенти.
- На основу резултата рецензије, као и анализе сваке потпуне пријаве од стране Експертске комисије, независна Експертска комисија врши ужи избор пријава за финансирање у оквиру програма финансирања.
- Коначну одлуку о финансирању доноси Експертска комисија Фонда путем консензуса, на крају фазе директне презентације пројеката.