Фонд је успоставио независтан и транспарентан процес евалуације поднетих пријава за финансирање. Систем евалуације поднетих пројеката се састоји од међународне ревизије пројеката и Експертске комисије која доноси коначну одлуку о финансирању. Експертску комисију чине међународно признати стручњаци са дугогодишњим искуством у вођењу технолошких компанија, научним истраживањима, комерцијализацији и инвестирању у иновације. Критеријуми за одабир иновативних пројеката који добијају финансијску подршку су прецизни, јавни и дефинисани у складу са добром међународном праксом.
Поступак оцењивања предлога пројекта је следећи:
- Након достављања Пријаве, особље Фонда врши преглед подобности и потпуности Пријаве, као и прву анализу достављених докумената како би се осигурала њихова техничко-административна исправност.
- Затим, прву стручну процену Пријава врше међународни независни рецензенти.
- На основу резултата рецензије, као и анализе сваке потпуне Пријаве од стране Експертске комисије, независна Експертска комисија врши ужи избор Пријава за финансирање у оквиру Програма раног развоја.
- Коначну одлуку о финансирању доноси Експертска комисија Фонда путем консензуса, на крају фазе директне презентације пројеката.