Органи Фонда за иновациону делатност су Управни одбор, Директор и Надзорни одбор.
Управни одбор Фонда за иновациону делатност
Управни одбор има пет чланова (председника и четири члана), које именује и разрешава Влада Републике Србије, на период од четири године.
Председник Управног одбора:
- проф. др Дејан Илић, доктор физичке хемије
Чланови Управног одбора:
- Др Марија Гњатовић, директор Института за примену нуклеарне енергије „ИНЕП”
- Маја Вујовић, вршилац дужности помоћника директора Пореске управе у Министарству финансија
- Јелена Грубачић, саветник у Министарству просвете
- Тијана Нићифоровић, стручни саветник за правне послове у Фонду за иновациону делатност
Надзорни одбор Фонда за иновациону делатност
Надзорни одбор има три члана (председника и два члана), које именује и разрешава Влада Републике Србије, на период од четири године.
Председник Надзорног одбора:
- Саша Дулић, вршилац дужности помоћника директора Пореске управе у Министарству финансија
Чланови Надзорног одбора:
- Николета Илић, професор руског језика
- Александра Бенковић, дипломирани менаџер
