Органи Фонда за иновациону делатност су Управни одбор, Директор и Надзорни одбор.
Директора Фонда, именује Влада Републике Србије на предлог министра надлежног за научноистраживачку делатност и технолошки развој, а по прибављеном мишљењу Управног одбора.
Од почетка оперативног пословања 2011. године, дужност директора Фонда за иновациону делатност су обављали:
- Од 3. фебруара 2011. године до 22. маја 2014. године – др Љиљана Кундаковић, в.д. директора
- Од 22. маја 2014. године до 28. новембра 2015. године – Марко Атанасовски, в.д. директора
- Од 28. новембра 2015. године до 17. јула 2025. године – Проф. др Иван Ракоњац, директор
- Од 17. јула 2025. године – др Саша Лазовић, директор
